El Museu de la pesca és Antena de l'Observatori per a la recerca etnològica a Catalunyadel Centre de Promoció de la Cultura Popular i Tradicional Catalana i membre de de les següents organitzacions:
- ICOM (International Council of Museum)
- ICMM (International Council of Maritime Museums)
- AMMM (Associació de Museus Marítims del Mediterrani)
- Xarxa de Museus de la Costa Catalana (organització liderada pel Museu Marítim de Barcelona que reuneix museus de temàtica marítima de la costa catalana)
- Xarxa de Museus d’Etnologia de Catalunya, de la que formen part
Ecomuseu de les Valls d'Àneu
Museu Comarcal de la Conca de Barberà
Museu Comarcal del Montsià
Museu de la Pesca
Museu de la Vida Rural
Musèu dera Val d'Aran
Museu Etnològic de Barcelona
Museu Etnològic del Montseny-La Gabella
- Membre de la Xarxa de Museus de la Costa Brava, de la que també formen part
Museu del Mar de Lloret de Mar
Museu d’Història de Sant Feliu de Guíxols
Museu de la Pesca
Museu del Suro
Terracotta Museu
Museu de la Mediterrània
- Membre de la Xarxa de Museus Locals, impulsada per la Casa de Cultura de la Diputació de Girona.
- Membres de l'Estrop, associació de la Costa Brava per al Patrimoni Marítim
- Seu de la Càtedra d'Estudis Marítims
- Subseu de l'Institut d'Estudis del Baix Empordà
